امام علی (ع) در آغازین روز خلافت با مشکلات متعددی مواجه شد و به ناچار با گروهی از مخالفان که قصد داشتند بدعت خلفای قبلی را ادامه دهند به مبارزه پرداخت. هرچند که رسول اکرم (ص) در زمان حیات خویش امام را نسبت به وقایعی که در آینده اتفاق خواهد افتاد آگاه نمود.

ستقاتل بعدي الناکثين والقاسطين والمارقين
                                                                  رسول اکرم (ص)

اي علي (ع) بعد از من با ناکثين، قاسطين و مارقين خواهي جنگيد.

و امير المؤمنين در خطبه‌ي قاصعه به مردم فرمود: «بدانيد که خدا مرا فرموده است با تجاوزکاران و پيمان‌گسلان و تبهکاران در زمين پيکار کنم اما با پيمان‌گسلان و با از حق بيرون‌شدگان ستيزيدم و از دين بيرون‌شدگان را زبون ساختم.»

حواريون بيعت‌شکن

       طلعه و زبير پيش از آن‌که آهنگ مکه کنند، همراه محمدبن‌طلحه پيامي براي علي (ع) فرستادند. آن دو به محمد گفتند: به علي (ع) عنوان " اميرالمؤمنين " مده فقط به او ابوالحسن بگو و سپس پيام ما را بدين‌گونه به او برسان که انديشه و گمان ما در مورد تو به سستي و نوميدي مبدّل شد. ما کار را براي تو رو به راه و حکومت را استوار ساختيم و مردم را از هر سو بر عثمان شورانيديم تا کشته شد و چون مردم براي حکومت به جست و جوي تو درآمدند، ما شتابان پيش تو آمديم و با تو بيعت کرديم و گردن همه‌ي اعراب را به سوي تو کشانديم و مهاجران و انصار در بيعت تو از ما پيروي کردند؛ ولي همين که زمام کار را به دست گرفتي، با انديشه‌ي خود مستبد شدي و به ما بي‌اعتنايي کردي و همچون زن سالخورده‌يي که کسي رغبت ازدواج با او نمي‌کند، ما را به حال خود رها کردي و خواري و زبوني که با کنيزان مي‌شود، نسبت به ما روا داشتي و کار خود را به اشتر و حکيم‌بن‌حبله و ديگر اعراب و زورمندان شهرستان‌ها واگذار کردي...
امام (ع) بعد از شنيدن سخنان محمدبن‌طلحه فرمود:« پيش آن دو برگرد و بگو: چه چيز شما را خشنود مي‌کند؟ او رفت؛ وقتي بازگشت، گفت: مي‌گويند يکي از ما را والي بصره و ديگري را والي کوفه کن.»
امام علي (ع) فرمودند: «هرگز چنين مباد که در آن صورت همه رويه زمين خواب خوش مي‌بينند و تباهي برانگيخته و همه‌ي شهرها از هر سو براي من بر هم مي‌ريزد.»
اندک‌زماني بعد زبير و طلحه به نزد امام (ع) آمدند و از او اجازه خواستند که به زيارت  عمره بروند. امام (ع)فرمودند: قصد عمره نداريد؛ بلکه قصد خدعه و شکستن بيعت داريد. آن دو به خدا سوگند خوردند که قصدشان مخالفت با علي (ع) نيست و هدفي جز عمره ندارند.
وقتي طلحه و زبير بيرون رفتند، امام (ع) به حاضران فرمود: «به خدا سوگند آن دو را نخواهيد ديد؛ مگر در فتنه و جنگي که هر دو در آن کشته مي‌شوند.» و هر دو کشته شدند و جنگ با پيروزي امام (ع) به پايان رسيد.

 قاسطين ( صفين )

     معاويه با آغاز ولايت امام (ع) نامه‌هاي متعددي به دوستان و دشمنان حضرت (ع) نوشت و از آن پس شروع کرد به نامه نوشتن براي خود امام (ره) و آن قدر اين کار را انجام داد که عمروعاص به او گفت: «مکاتبت را تمام کن تا کي مي‌خواهي نامه‌هاي تند و تلخ بنويسي و جواب‌هاي تندتر و تلخ‌تر دريافت کني. به خدا که اگر همه‌ي نويسندگان شام جمع شوند، نمي‌توانند در کتابت و بلاغت، با علي‌بن‌ابيطالب (ع) برابري کنند.»
     پس از رايزني معاويه با عمروعاص تصميم گرفت با لشگري آراسته که شماره‌ي آن را تا يکصد و بيست هزار نفر نوشته‌اند، از شام به جانب صفين حرکت کرد.
     امام (ع) نيز در روز بيست و دوم محرم‌الحرام به صفين رسيد. معاويه آب را بر سپاه امام (ره) بست و گفت: خداي تعالي، معاويه و پدر او را از حوض کوثر محروم کند. اگر بگذاريم لشکر علي (ع) از فرات آب ستاند، فرداي آن روز مالک اشتر نخعي و اشعث‌بن‌قيس با اجازه امام (ره) راه آب را باز کردند.
     جنگ صفين اول ماه صفر آغاز شد. آتش جنگ صفين بعد از شعله‌ور شدن در « ليله الهرير » که مي‌رفت، ريشه بساط کفر بني‌اميه را بسوزاند و با نابودي معاويه به خودکامگي‌هاي سفله‌گان آل ابي معيط فاتحه دهد. ناگهان با بالا بردن قرآن‌ها بر سرنيزه‌ها، گردونه واپس چرخيد و دوگانگي در اردوي کوفه پديدار شد. همان‌گونه که خداوند در قرآن فرموده بود به وسيله شجره ملعونه مردم در بوته آزمايش قرار گرفتند.

مارقين

    قارياني که با امام (ع) در جنگ صفين حضور داشتند،‌ نخستين کساني بودند که به توقف‌گاه جنگ دعوت کردند و آنان مصرترين افراد لشکر بر پذيرش حکميّت و سرسخت آنان در مخالفت با رأي امام مبني بر ادامه‌ي جنگ و ردّ پيشنهاد ارجاع به حکميّت بودند. ولي پس از امضاي  پيمان حکميّت نظر اين قاريان به سرعت تغيير کرد.
    امام (ره) بارها سعي کرد آن‌ها را هدايت کند؛ اما اينان گوششان در مقابل سخن حق کَر بود، از دين خارج شدند و به جنگ با امام (ره) برخاستند. گروهي از آنان قبل از شروع جنگ توبه کردند اما بقيه بر اشتباه خويش پافشاري نمودند و سرانجام توسط اميرمؤمنان و سپاهانش به هلاکت رسيدند.

منبع:کتاب از غدیر تا عاشورا